Bảo tàng tỉnh Lạng Sơn được thành lập theo Quyết định số 441/QĐ-UB, ngày 24/6/1993 của UBND tỉnh trên cơ sở Phòng Bảo tồn Bảo tàng (thuộc Sở văn hóa, Thông tin tỉnh Lạng Sơn). Lúc đầu, có tên là Bảo tàng Tổng hợp tỉnh Lạng Sơn - hoạt động trên cả hai lĩnh vực: Bảo tàng và bảo tồn di tích.

Từ tháng 10 năm 2009, Ban Quản lý di tích tách riêng ra thành đơn vị độc lập, Bảo tàng Tổng hợp tỉnh được tổ chức sắp xếp lại theo Quyết định số 1663/QĐ-UB ngày 01/9/2009 của UBND tỉnh Lạng Sơn và mang tên gọi mới là Bảo tàng tỉnh Lạng Sơn. 

Tháng 4/2018, thực hiện chủ trương của Tỉnh về sắp xếp lại các đơn vị sự nghiệp công lập, Bảo tàng tỉnh tiếp tục được tổ chức lại (theo Quyết định số 671/QĐ-UBND, ngày 12/4/2018 của UBND tỉnh Lạng Sơn) trên cơ sở giữ nguyên tổ chức bộ máy, biên chế cán bộ của Bảo tàng tỉnh và tiếp nhận thêm chức năng, nhiệm vụ quản lý bảo tồn di tích. 

Bảo tàng tỉnh là một trong 07 đơn vị trực thuộc của ngành Văn hoá, Thể thao và Du lịch Lạng Sơn có chức năng: Giáo dục truyền thống; gìn giữ và phát huy giá trị di vật lịch sử tự nhiên và xã hội của tỉnh thông qua hoạt động nghiên cứu, sưu tầm, kiểm kê, bảo quản, trưng bày, tuyên truyền. Thực hiện quản lý, hướng dẫn hoạt động trùng tu, tôn tạo và phát huy giá trị di tích, các loại hình di sản văn hóa vật thể và phi vật thể trên địa bàn tỉnh. Hiện nay, Bảo tàng tỉnh có bốn phòng chức năng: Hành chính tổ chức, Nghiệp vụ Bảo tàng ,Kiểm kê - Bảo quản và Nghiệp vụ di tích.